ترتكز حوكمة الاتحاد من أجل المتوسط على اتخاذ القرار المشترك والمسؤولية المشتركة بين ضفتي المتوسط، وتقوم على منهجية عمل تعزز التفاعل الدينامي بين الدول الأعضاء.

ترتكز حوكمة الاتحاد من أجل المتوسط على اتخاذ القرار المشترك والمسؤولية المشتركة بين ضفتي المتوسط، وتقوم على منهجية عمل تعزز التفاعل الدينامي بين الدول الأعضاء.
تُبنى حوكمة الاتحاد من أجل المتوسط عبر مسار يضمن الملكية المشتركة للقرارات وتقاسم المسؤولية بين بلدان شمال المتوسط وجنوبه. ويرأس الاتحاد نظام الرئاسة المشتركة بين الضفتين. ومنذ عام 2012، يتولى الاتحاد الأوروبي الرئاسة المشتركة عن الضفة الشمالية بما يضمن صلة وثيقة مع سياسة الجوار الأوروبية، بينما يتولى الأردن حاليًا الرئاسة عن الضفة الجنوبية بما يعزز تبنّي دول الجنوب الكامل لعمل الاتحاد. وتنطبق الرئاسة المشتركة على جميع المستويات: القمم، والاجتماعات الوزارية، واجتماعات مستوى المسؤولين.
يجتمع أعضاء الاتحاد من أجل المتوسط بانتظام على مستوى كبار المسؤولين من وزارات الشؤون الخارجية في الدول الثلاث والأربعين الأعضاء، إلى جانب مؤسسات الاتحاد الأوروبي وجامعة الدول العربية.
ويوفّر اجتماع كبار المسؤولين الإطار المناسب لمناقشة السياق السياسي الراهن وتنسيق عمل الأمانة العامة للاتحاد من أجل المتوسط. كما يعتمد الاجتماع ميزانية الأمانة العامة وبرنامج عملها، ويضع الأسس التحضيرية للاجتماعات الوزارية. ويناقش أيضاً مقترحات المشاريع المقدّمة لاعتمادها وتأييدها. وتتخذ قرارات كبار المسؤولين بالتوافق.
تتخذ الأمانة العامة للاتحاد من أجل المتوسط من برشلونة مقراً لها، وتشكّل منصة لتفعيل القرارات التي تعتمدها الدول الأعضاء، عبر التحضير للاجتماعات الوزارية، وتيسير منصات الحوار الإقليمي، وتطوير مشاريع إقليمية استراتيجية.
وتعمل الأمانة العامة تحت إشراف الأمين العام، بدعم من ستة أمناء عامين مساعدين.
يُعيَّن الأمين العام والأمناء العامون المساعدون من قبل الدول الأعضاء لمدة ثلاث سنوات قابلة للتجديد مرة واحدة. ويُرشَّح ثلاثة أمناء عامين مساعدين من دول الاتحاد الأوروبي، وثلاثة من دول الجنوب والشرق.
يضم فريق الأمانة العامة للاتحاد من أجل المتوسط أكثر من ستين موظفاً دولياً من أكثر من عشرين دولة، بمن فيهم موظفون دبلوماسيون وتقنيون مُعارون من الدول الأعضاء والمؤسسات الشريكة.